Wojny z połowy XVII wieku przyniosły dobrom siedleckim zniszczenie i upadek. W 1668 roku nastąpiło jednak ważne wydarzenie w dziejach tej majętności. Wraz z ręką właścicielki Joanny z Olędzkich trafiła ona do książęcej rodziny Czartoryskich, pieczętujących się litewską Pogonią.
Joanna była córką owego oryginała Tomasza Olędzkiego. Jej pierwszym mężem był podkomorzy płocki Jakub Krasiński, drugim starosta radziejowski Stanisław Oleśnicki, trzecim zaś wreszcie, poślubiony właśnie w 1668 roku wojewoda wołyński Michał Jerzy Czartoryski. Książę Czartoryski żył w latach 1621-1692. Siedlce wraz z przyległymi wsiami stanowiły tylko niewielką część jego włości, z których większość znajdowała się na Wołyniu, w okolicach Klewania i Żukowa.
Małżeństwo właścicielki Siedlec z księciem Czartoryskim miało ogromne znaczenie dla Siedlec i pobliskich wiosek. Z rezydencji szlacheckiej stały się miastem książęcym, a okoliczne wsie weszły w skład magnackich włości.
Według "Herbarza polskiego" Adama Bonieckiego książęcy ród Czartoryskich wywodzi się z Litwy. Nazwisko przyjął zaś od Czartoryska, miejscowości leżącej nad Styrem w województwie wołyńskim. Nazwiska przedstawicieli tego rodu znajdujemy jużwdokumentach z początku XV wieku. W XV i XVI wieku należeli do grona wielkorządców litewskich. Pełnili też ważne funkcje na dworze wielkich książąt litewskich oraz w administracji Wielkiego Księstwa Litewskiego. Poprzez małżeństwa przedstawiciele rodu Czartoryskich byli skoligaceni z najmożniejszymi rodzinami Litwy: Tyszkiewiczami, Zasławskimi, Ostrogskimi, Sapiehami, Wiśniowieckimi.
Czartoryscy wyznawali początkowo prawosławie. Dopiero pod koniec XVI wieku jako pierwszy z rodu przeszedł na katolicyzm książę Jerzy, właściciel Klewania i Żukowa naWołyniu.WXVII wieku przedstawiciele rodu Czartoryskich pełnili wysokie funkcje administracyjne, m.in. jako wojewodowie. Książę Kazimierz Florian był kolejno biskupem łuckim, poznańskim, kujawskim, a wreszcie arcybiskupem gnieźnieńskim. Jako pierwszy z rodu Czartoryskich z Siedlcami związał się książę Michał Jerzy, syn wojewody wołyńskiego Michała. Piastował on kolejno funkcje starosty krzemienieckiego, wojewody bracławskiego, wojewody wołyńskiego, wreszcie wojewody sandomierskiego. Oprócz piastowania funkcji państwowych Michał Jerzy był dworzaninem króla Władysława IV oraz służył wojskowo. Brał udział w wojnach kozackich, bił się pod Zborowem w 1649 roku, dowodził chorągwią pancerną w krwawych zmaganiach pod Beresteczkiem w 1651 roku, odznaczył się w bitwie pod Cudnowem na Ukrainie, gdzie Polacy dowodzeni przez hetmana Lubomirskiego odnieśli w 1660 roku świetne zwycięstwo nad Rosjanami. Książę Michał posłował również w 1678 roku do Rosji jako "poseł wielki" z Korony. Negocjował tam warunki zawarcia pokoju po długoletniej wojnie. Takiego to pana otrzymały dobra siedleckie. Siedlce przypadły księciu Czartoryskiemu jako wiano jego 3 żony Joanny, dla której również był to trzeci związek małżeński. Państwo Czartoryscy postanowili podnieść swoje dobra z upadku, który przyniosło prawie 20 lat wojen.Wtym celu uczynili krok, który i obecnie robią władze, gdy zależy im na rozwoju jakiegoś regionu. Wprowadzili ulgi podatkowe dla poddanych. Należy przypuszczać, że polepszenie bytu poddanych nie było jedynym celem liberalnych posunięć Czartoryskich. Szlachta i magnaci posiadali dobra ziemskie po to, żeby z nich czerpać korzyści. Toteż odbudowa i dobry byt miejscowości klucza siedleckiego stanowiły element polityki mającej na celu podnoszenie dochodów możnego rodu.
